Jeszcze przed odnalezieniem drugiej części Archiwum, w 1950 r. Auerbach wyjechała do Izraela. Wiosną 1954 r. rozpoczęła pracę w Instytucie Yad Vashem. Stworzyła w nim dział świadectw, „zajmowała się zarówno teorią, metodyką, jak i praktyką zbierania relacji. Uważała np., że zeznania świadków należy nagrywać, gdyż zapisywanie przerywa tok narracji, wytraca jej napięcie, poza tym zapis relacji nie zawsze oddaje cechy języka świadka, sposób formułowania przezeń myśli, pracę jego pamięci” – pisze Karolina Szymaniak. Było to wtedy nowatorskie podejście: dopiero w kolejnych dekadach doceniono znaczenie nagrań świadków Zagłady.
W 1961 r. Auerbach brała udział w przygotowaniu dokumentacji do procesu Adolfa Eichmanna. Sama również składała zeznania: „poprosiła o półtorej godziny, dano jej czterdzieści pięć minut, a przesłuchiwano jeszcze kwadrans krócej”. Zeznawała po Icchaku Cukiermanie i Cywii Lubetkin; „była tak zdenerwowana, że nie była w stanie dobrze złożyć zeznań, dyscyplinowana też przez sąd i prokuratora”.
Po odejściu na emeryturę Auerbach kontynuowała prace nad własnymi książkami. W 1974 r. opublikowała w jidysz książkę Warszawskie testamenty. Spotkania, działania, losy 1933-1943. „Kolejnej książki, którą pisała i dyktowała już poważnie chora, leżąc w łóżku, nie udało jej się ukończyć”. Zmarła na nowotwór. Książka W ostatniej drodze. W getcie warszawskim i po aryjskiej stronie ukazała się po jej śmierci.